实体瘤MRD检测哪家强?

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所属分类:基因突变检测

   前段时间经常有朋友问我实体瘤手术后做的这个MRD到底是个啥?也有朋友问我,到底哪家公司MRD做得好,让我比一比,这一问还真把我问住了。那就理一理吧,平时比较忙没时间整理,抽了点时间挨个看了看,进行一下罗列。

   首先了解一下MRD,指微小残留病灶(Minimal Residual Disease),顾名思义,指癌症病人经治愈性手段治疗后可能残留在体内的微小病灶,这种病灶用传统的影像学方法无法辨别。目前我们通常说的实体瘤术后MRD检测是指通过血液检测血液中的ctDNA即循环肿瘤DNA,它是由肿瘤细胞释放出来游离在血浆当中的DNA,具有肿瘤特异性,ctDNA检测发现残留通常要比影像早,ctDNA检测可作为早期术后监测复发很好的手段,一般比影像学复发提前3-6个月发现。

   国内《ctDNA基因突变检测室间质评结果报告》指出,许多实验室对ctDNA基因突变检测的质量保证意识极为薄弱,绝大多数实验室自我宣称的检测下限为0.1%-0.5%(晚期肿瘤ctDNA标准),而实际上大量实验室检测能力无法达到宣称检测下限的情况。因为是做了手术的,实际上MRD需要的ctDNA检测下限更低,目前《肺癌MRD的检测和临床应用共识》将ctDNA丰度技术标准卡在可稳定检测出丰度≥0.02%受到技术水平和成本的限制,目前市面上真正能开展MRD检测的公司并不多。

   另外在此解释一个概念,普通血液ctDNA检测和MRD到底区别在哪里?其实本质上是完全一样的,都是检测肿瘤释放到血液中的ctDNA,只是精度不一样。比如直尺的最小刻度是1毫米,我们现在用精度0.05毫米的游标卡尺来量,最小精准可以量到0.05毫米,本质上我们都是量长度,只是精度不一样。原因上面已经提到,因为晚期病人和术后病人血液中可能的ctDNA丰度级别是不同的。

接下来看一下,目前国内各公司拥有的实体瘤MRD产品情况(因为拿到的数据有限,结合个人的认识,进行一个粗浅的讨论)。

 

燃石医学MRD产品:

产品情况:

产品一pharos168168基因组织作为基线参照,血液168基因,

血液测序深度3.5XLOD低至0.05%

 

产品二pharos520520基因组织作为基线参照,血液168基因,

血液测序深度3.5XLOD低至0.05%

 

产品三燃石朗微,组织全外显子2万个基因测序作为基线参照,随后根据肿瘤组织选取其中50个主克隆体细胞突变定制化Panel血液检测,进行10X高深度测序,可以稳定检出丰度低至0.004%

https://mp.weixin.qq.com/s/yfTHojCNKaWxCfriYpRwTw

 

华大基因MRD华见微:

产品情况:

组织全外显子2万个基因测序作为基线参照,随后根据肿瘤组织选取其中16个主克隆体细胞突变定制化Panel血液检测,进行10X高深度测序,能够检测低至0.01%的低频丰度。

https://mp.weixin.qq.com/s/JkvnNW2N6LD4xQjIQrMGsw

 

吉因加MRD OncoMRD

产品情况:

组织1021基因作为基线参照,血液338基因,

血液测序深度3X,检测低至0.02%突变

https://www.geneplus.org.cn/geneplus/trans/toCoreTechnology?page=clinical_OncoS

 

世和基因MRD术宁:

产品情况:

组织425个基因作为基线参照,血液139基因,

血液测序深度3X,稳定检出LOD低至0.1%

https://mp.weixin.qq.com/s/f-Jn12JZvTvxHpiMf4FObw

 

和瑞基因MRD和预安:

产品情况:

组织654基因作为基线参照,血液218基因,

血液测序深度3X,最低检测限(LOD)可达0.02%

https://mp.weixin.qq.com/s/JiNHwD-HgV3fqSNuhW9WFA

 

桐树生物MRD诊心安:

产品情况:

组织556个基因作为基线参照,血液556基因(或105基因),

血液测序深度1XLOD(检测限)低至0.02%

https://www.tongshugene.net/zxamrd

https://mp.weixin.qq.com/s/217e2rUql7JWQV232-ShGg

 

臻和生物MRD朗微博:

产品情况:

组织769基因作为基线参照,血液769基因

血液测序深度3X,最低检出限(LOD)低至0.007%

https://mp.weixin.qq.com/s/mMbRPscsyGOWnNPN1YlzYw

 

至本医疗MRD 至美OriMiracleS

产品情况:

组织全外显子2万个基因测序作为基线参照,随后根据肿瘤组织选取其中20-30个主克隆体细胞突变定制化Panel血液检测,进行10X高深度测序,稳定检出丰度≥0.01%ctDNA

https://mp.weixin.qq.com/s/xRvw6dNcb_pnpYcyKAzm0A

 

 

   其中既有固定化Panel(对固定种类和数量的基因进行检测),也有定制化Panel(对肿瘤组织进行广泛测序,一般是对全外显子进行测序,筛选出其中最具代表性的一些突变进行定制化跟踪检测)。这两种技术路线各有利弊,若后续出现的是复发,即原来肿瘤残留导致的,这种情况下定制化Panel更加有优势,定制化Panel一般能捕捉到更低的突变丰度,即测得更深;而若出现重新的原发,有可能基因突变种类不同,这种情况下定制化Panel可能失效,固定化Panel可能更有优势,即固定化Panel测得更广。关乎到技术和成本的问题,深度和广度不能兼得。众多案例中肺癌术后复发的,比重新原发的概率大得多,另外MRD从概念出发,原本就是为了检测微残留病灶,检测复发,在这一点上,定制化Panel更能发挥作用,当然有些朋友说不差钱,两种一起做得了,那没话说。

 

   另外再看看各公司产品的实际情况,当然有些地方大家可能要注意相关公司使用的措辞。

   燃石医学固定化Panel,血液测序深度3.5XLOD低至0.05%。燃石医学定制化Panel血液10X高深度测序,选取50个肿瘤特异突变,可以稳定检出丰度低至0.004%。基本上和看到的报告结果一致,不过实际案例中,燃石普通血液1X深度的报告,有组织对照的情况下,也看到过0.05%的丰度,有朋友戏称这是平民版MRD

   世和基因MRD术宁,血液测序深度3X,稳定检出LOD低至0.1%,这个和看到的报告情况是一致的。

   华大基因和至本医疗的MRD都是定制化Panel,定制的基因突变数量相差不大,一个是16个突变一个是20-30个突变,进行10X高深度测序,最低检测下限基本上也是差不多的0.01%

   再下来是桐树生物的诊心安,测序深度1XLOD(检测限)低至0.02%。当然很多朋友困惑了,为什么1X深度也能到0.02%呢,那何必要测3X或者3.5X呢?显然这个1X深度应该是不能稳定测到0.02%的,注意措辞,是“低至0.02%”,或者说,有时候可以测到0.02%。那有些朋友要反驳了,如果用了特殊算法能否到达这个稳定的0.02%呢,纯粹的二代测序1X深度应该达不到的,算法都是公开的,差一点还有可能,差几倍就有点不合理了,要不然其他公司何必要牺牲成本呢。

   和瑞基因MRD和预安,血液测序深度3X,最低检测限(LOD)可达0.02%,当然和预安的报告没有看到过,没有发言权。

吉因加固定化Panel 血液测序深度3X,检测低至0.02%突变。不过有一个困惑是,有时候看到的OncoMRD阳性报告只有小数点后面一位,不知道是看错了还是什么情况。

   最后是臻和生物MRD朗微博,血液测序深度3X,最低检出限(LOD)低至0.007%,同样有朋友会困惑,为什么这个3X可以达到0.007%,人家3万才0.02%0.05%?这个和上面1X深度达到0.02%是一个道理,不能稳定测到0.007%,看公布的数据图片:0.007%是其中最低的一个,按算数平均算基本上差不多0.0466%,虽然这样算不一定合适,可以做个粗略的参考。

 

实体瘤MRD检测哪家强?

 

 

   实体瘤各公司MRD的情况基本上比较明了了。说到这里,依然会有很多朋友问,到底选哪家啊?如果真要看残留监测复发,目前看到的产品里面燃石的定制化Panel朗微是精准度最高的产品,其次下来是华大和至本的定制化Panel,再下来是几个固定化PanelMRD,当然测序深度对结果是有影响的。有些朋友会说MRD监控,套餐太贵,实在经济吃紧,那平民版MRD能否考虑?这个也没有意见。

   以上内容仅个人意见,有什么不合适的地方,自行深入研究。

 

本篇文章来源于微信公众号: 辰2006