大家做完转录组测序之后，通常都需要用qPCR来验证一下测序结果的准确性。但是我们也偶尔会遇到转录组测序结果和qPCR结果不一致的现象，出现这样的问题总会让研究者“糟心”，不知如何是好...
求助！为什么我刚刚做的这个转录组测序结果和qPCR结果又不一致了？
又到我—科研问题小侦探，江户川·海普洛斯·柯南—出场的时间了，
想要解决问题，首先要知道问题出在哪里，
静下心来不要急，让我们一起剥丝抽茧查找原因，
问题的真相可能不止一个.......
样品的比对关系搞反了（A vs B）导致了结果相反
没有用同一批次样本做转录组和qPCR导致了结果差异
样品存在rRAN污染或者其他物种污染导致了转录组中的FPKM计算有误
做qPCR验证的基因表达量（FPKM）偏低，差异不显著且意义不大
可能因为个人在操作qPCR的过程中导致了结果的差异
qPCR和转录组两种技术本身存在一定的差异，所以在一定的范围内结果不一致也可接受，具体情况需要看期刊的审稿人的意见
检查是否应用了同一批次的样本来做的转录组和qPCR
检查样本是否存在rRAN污染或者其他物种污染，比如检查去rRNA的比例，去NT数据库比对是否存在其余物种的reads污染
建议研究差异显著的基因且表达量较高的基因，如果挑选差异不显著或者表达量太低的基因，研究意义并不大
如果想排除个人操作导致的差异，可更换操作人重新做验证
如果只验证一个基因，发现结果不一致，这种情况需要看qPCR验证的生物学重复的次数，若次数足够多，且结果均表明不一致，可以参考qPCR的结果；或者更好的方法就是可以多挑选几个基因，同时做qPCR验证，若结果均不一致，需要检查测序的过程中是否哪个环节出现失误。
