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今天与大家分享：MET基因拷贝数增加（Copy Number Gain,CNG）在初治EGFR突变NSCLC患者中的临床意义。
MET基因拷贝数增加，
是MET基因扩增吗？
CNV gain = Amplification？
它们都能导致EGFR-TKI耐药吗？
为什么标题说：
MET扩增才是导致EGFR-TKI耐药的决定因素，
而不是说，
MET拷贝数增加才是导致EGFR-TKI耐药的决定因素？
MET基因拷贝数的增加可以称为 MET-High或者MET CNV gain（CNG，定义为每个细胞核中MET基因拷贝数≥5），它主要有两种形式：一种是 Polysomy（多染色体，CNV≥5且MET/CEP7＜2.0），另一种是 Amplification（扩增，CNV≥5且MET/CEP7≥2.0）。所以不能直接的认为MET拷贝数增加就是MET扩增！
▲ MET拷贝数增加的两种形式
MET多染色体导致的MET基因拷贝数增加并不会影响EGFR-TKI的活性，MET基因扩增导致的MET基因拷贝数增加则会导致EGFR-TKI的耐药，所以，MET扩增才是导致NSCLC患者EGFR-TKI耐药的决定因素！（NGS检测MET扩增通常会漏检MET多染色体的情况3）
简而言之，就是MET基因拷贝数增加不能直接说明EGFR-TKI耐药，MET的基因扩增才是导致EGFR-TKI耐药的真正原因！
EGFR-TKI（酪氨酸激酶抑制剂）已被广泛用于治疗EGFR突变的NSCLC患者，但是很多患者在使用 EGFR-TKI 后会出现耐药情况。研究表明，MET基因扩增是导致EGFR-TKIs耐药的主要原因之一，MET扩增通过激活ERBB3（HER3）—— 依赖性激活PI3K，EGFR/ERBB家族受体的特异性通路。
▲ c-MET通路激活可导致EGFR抑制剂耐药
MET，Mesenchymal epithelial transition factor，即间质上皮细胞转化因子，位于7号染色体，包括21个外显子和20个内含子，是一种多功能的跨膜酪氨酸激酶，是肝细胞生长因子HGF的受体，主要在上皮细胞中表达。
▲ MET基因及其信号通路
c-MET受体与HGF结合后，在酪氨酸激酶结构域的Y1234和Y1235酪氨酸残基上磷酸化，诱导激酶活性，同时，C末端Y1349和Y1356磷酸化建立多功能对接位点招募有SRC同源区2（SH2）结构域的信号分子，然后激活这些信号分子导致下游信号激活传导。最终结果是促进细胞转化，细胞侵袭，细胞增殖，细胞周期进展等等。
▲ MET通路激活机制
外显子14的剪接变异会导致外显子14的跳跃进而导致近膜结构域被破坏，泛素化降解酶c-CBL结合位点缺失，c-MET信号延长。MET-TKI结合催化结构域磷酸化位点，抑制 Y1230/Y1234/Y1235 磷酸化，从而抑制 Y1349/Y1356 附着点磷酸化，抑制下游信号分子招募。
▲ MET exon14 skipping与MET-TKI
▲ MET exon14跳跃和CNG是主要的致癌驱动因素
今天我们不说MET点突变，我们重点说说MET的拷贝数增加，MET的基因扩增及它们与EGFR-TKI的耐药关系。
MET基因比较复杂，MET CNG与其他占主导地位的致癌基因不同（一般一个癌细胞只会出现一个占主导地位的致癌基因突变，不会出现两个，即致癌基因互斥），MET CNG经常与其他致癌驱动因子共存，例如EGFR、ALK和KRAS2。EGFR突变的NSCLC患者使用EGFR-TKI产生原发性耐药就是这个原因。
一、研究思路：
研究共入组了两个队列的人群。第一队列包括200例EGFR突变的NSCLC患者；第二队列包括13例早期EGFR突变的NSCLC的患者，共取59处组织区域，用于外显子测序和SNP列阵测序，以确定MET CNG的状态，探讨MET CNG的肿瘤内异质性。分析154例（39+115例）使用EGFR-TKI单药治疗患者的临床结果与MET状态的相关性。研究的主要终点是TTF，即从开始使用EGFR-TKI到停止使用EGFR-TKI（包括疾病进展、不可接受的毒理反应、患者要求停药）。TTF小于6个月定义为EGFR TKI原发耐药。
▲ 本研究研究思路
二、研究方法：
1，MET扩增检测：使用雅培的探针进行FISH检测，检测200个EGFR突变的转移性NSCLC患者中MET基因扩增情况。MET基因扩增定义为：MET基因拷贝数≥5 且 MET/EP7比值≥2.；
2，EGFR突变检测：sanger测序或罗氏cobas法。
三、研究结论：
200例EGFR突变的NSCLC患者中52例（26%）检测结果为MET-high（或CNG），其中46例（23%）为多染色体，6例（3%）为扩增，这与以往报道的原发MET扩增发生率1~5%一致。
▲ 200例NSCLC患者的MET CNG比例分布情况
MET-high和MET-low的TTF分别为12.2个月、13.1个月，表明MET CNG的状态并未显著的影响EGFR-TKI的药效（下图A），但是在MET扩增的 5 个接受EGFR-TKI治疗的病人中，显示不良预后，表示MET扩增才是导致EGFR-TKI耐药的决定因素（下图B）。6个MET-high的患者中，3个在治疗后MET缺失，这可能与肿瘤异质性有关。
▲ MET-high和MET-low的TTF情况
▲ 转移性EGFR M+ NSCLC患者治疗失败的时间是相似的，无论MET是high还是low。
▲ 三例样本肿瘤异质性的研究
本文案例分享：MET扩增才是NSCLC患者EGFR-TKI耐药的决定因素！
该患者为62岁不吸烟女性，EGFR L858R突变，并发MET扩增（拷贝数7.3；MET/CEP7为3.4；ROS1/ALK阴性），在使用一代EGFR-TKI 厄洛替尼治疗4周后出现疾病进展，这时候联合克唑替尼进行联合治疗（目前批准上市的用于治疗MET扩增或exon14 skipping 的药物仅有克唑替尼，卡博替尼）。
治疗几天后，患者由于无法耐受厄洛替尼与克唑替尼的联合治疗，便每隔一天接受克唑替尼单药治疗，出乎意料的是，她的肺部病变显著消退，我们可以认为这可能是MET扩增驱动占主导的EGFR突变NSCLC，也是MET扩增导致EGFR-TKI耐药的真正原因。
相关阅读：
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参考资料：
1.Lai G G Y, Lim T H, Lim J, et al. Clonal MET Amplification as a Determinant of Tyrosine Kinase Inhibitor Resistance in Epidermal Growth Factor Receptor–Mutant Non–Small-Cell Lung Cancer[J]. Journal of Clinical Oncology, 2019: JCO. 18.00177.
2.Noonan SA, Berry L, Lu X, et al: Identifying the appropriate FISH criteria for defining MET copy number-driven lung adenocarcinoma through oncogene overlap analysis. J Thorac Oncol 11:1293-1304, 2016
3.Detection of MET-mediated EGFR tyrosine kinase inhibitor (TKI) resistance in advanced non-small cell lung cancer (NSCLC): biomarker analysis of the TATTON study. 2019 AACR
